出入国在留管理庁（入管）における外国人の在留手続手数料について、2026年10月1日以降の申請分より大幅な値上げ（改定）が実施されます。
今回の改定では、これまで一律6,000円（オンライン5,500円）であった在留資格の変更許可や期間更新許可の手数料が、「許可される在留期間に応じた段階制」へと全面的に再編され、最長期間の許可では最大75,000円に達します。また、永住許可申請の手数料は現行の10,000円から200,000円（20万円）へと20倍に引き上げられます。
就労系ビザで外国人を雇用している企業や、特に特定技能外国人等を多く受け入れている事業者様にとって、本改定は「費用負担増」および「社内規程・労務運用の見直し」につながる非常にインパクトの大きい変更です。
本コラムでは、大臣官房・入管庁の公表資料に基づき、改定の概要・具体例・影響を受ける在留資格、そして企業が今すぐ講じるべき3つの実務対応策について徹底解説します。
1. 2026年10月改定「在留手続手数料」の概要
まずは、具体的にどのように手数料が変わるのか、新旧の料金体系を整理します。
(1) 在留資格変更・在留期間更新許可の手数料
従来の「一律6,000円」から、「付与される在留期間に応じた段階制」に変更されます。
| 許可される在留期間 | 窓口申請（新手数料） | オンライン申請（新手数料） | 改定前（～9/30） |
| 3か月以下 | 10,000円 | 10,000円（割引なし） | 窓口 6,000円 オンライン 5,500円 |
| 3か月超 6か月以下 | 18,000円 | 15,000円 | 同上 |
| 6か月超 1年未満 | 25,000円 | 21,000円 | 同上 |
| 1年 | 33,000円 | 27,000円 | 同上 |
| 1年超 3年未満 | 48,000円 | 42,000円 | 同上 |
| 3年以上 5年未満 | 64,000円 | 56,000円 | 同上 |
| 5年以上 | 75,000円 | 65,000円 | 同上 |
(※別途、オンライン決済時の決済手数料が発生します)
(2) 永住許可申請および海外呼び寄せ（COE申請）
- 永住許可申請： 現行 10,000円 ➔ 改定後 200,000円（20万円）
※永住許可は窓口申請のみ対応しており、オンライン割引の対象外です。 - 在留資格認定証明書交付申請（COE／海外からの呼び寄せ）： 手数料なし（対象外）
※海外から新しく人材を呼び寄せる段階では手数料は発生しませんが、入国後の更新手続きから新料金が適用されます。
2. なぜ引き上げられるのか？背景と重要ルール
改定の背景
今回の手数料引き上げは、2026年5月に成立した改正入管法に基づくものです。
主な背景として、政府は以下の要因を挙げています。
- 外国人比率の増加に伴う「審査・在留管理実費」や「出入国管理体制の強化・拡充」へのコスト充当
- 諸外国における同種の在留・ビザ手続手数料との水準の均衡
- 今後の物価上昇等への対応
これらを受け、在留管理コストの適正な負担を促す目的で実施されます。
実務上極めて重要な「手数料確定」と「適用基準」のルール
① 手数料の金額は「申請時」には確定しない
申請時に「希望する在留期間（例：3年や5年）」を申請書に記載して提出しますが、実際に付与される期間は審査官の総合判断によって決まります。
そのため、「いくら納付することになるか」は審査結果が出て納付通知書（ハガキ）が届くまで確定しません。
会社予算の策定や本人への案内にあたっては、念のため「希望年数に応じた高めの区分」を想定しておく必要があります。
② 適用基準は「許可日」ではなく「受付日」
新料金が適用されるのは、2026年10月1日以降に受付・受理された申請からです。
2026年9月30日までに申請が受付完了していれば、実際の許可・処分・手数料納付が10月1日以降になった場合でも旧料金（6,000円）が適用されます。
3. 企業経営・労務管理への影響
今回の改定が受入企業に与える最大の影響は、「更新頻度の高い在留資格」を雇用している場合のコスト増大です。
特に大きな影響を受ける「特定技能1号」
「特定技能1号」で働く外国人は、在留期間が「1年・6か月・4か月」のいずれかで決定されます。
最長通算5年の在留期間中、複数回の更新が発生するため、1人あたりの手続コストが大幅に上昇します。
- 例：1年更新を繰り返して通算5年間在留する場合（窓口申請・会社負担の場合）
- 改定前： 6,000円 × 4回 ＝ 24,000円
- 改定後： 33,000円 × 4回 ＝ 132,000円（約5.5倍の負担増）
複数名・数十名規模で特定技能外国人を雇用している企業においては、年間数十万〜数百万円単位のコストアップとなるため、予算計画の見直しが極めて重要です。
4. 企業が今すぐ取るべき「3つの労務対応策」
10月1日の施行に向け、人事労務担当者が現場で速やかに取り組むべき対応策を3つのポイントに整理しました。
対応①：手続費用「企業負担」か「本人負担」かの社内規程整備
在留手続の手数料を「会社が負担するのか」「外国人本人が負担するのか」について、入管法や労働基準法上の明文規定はありません。 雇用契約書や就業規則・社内規程の定めによります。
従来は「1回6,000円程度なら福利厚生として会社が支払っていた」「本人のビザだから本人支払いにしていた」と曖昧に運用していた企業も少なくありません。しかし、数万円単位に値上がりする今後は、あやふやな運用がトラブルの原因となります。
- 全額企業負担とする場合： 採用時の訴求力（求人でのアピール）が高まり、定着率向上に資する反面、企業の直接コストが増加します。
- 全額本人負担とする場合： 企業のコスト増は抑えられますが、更新時期に外国人の手取り額が圧迫され、不満や離職・他社への転職リスクが高まります。
- 折衷案（一部会社補助）： 「旧手数料分（6,000円）は本人、値上げ超過分は会社が補填」など、バランスをとった設計も検討されます。
外国人材の確保・定着の観点を踏まえ、自社の方針を早期に決定し、就業規則や外国人在留管理規程等に明文化しておきましょう。
対応②：「オンライン申請」への完全移行
改定後は、窓口申請とオンライン申請で3,000円〜10,000円の価格差が設定されています。
- 例：1年許可の場合 ➔ 窓口 33,000円 ／ オンライン 27,000円（6,000円お得）
- 例：5年許可の場合 ➔ 窓口 75,000円 ／ オンライン 65,000円（10,000円お得）
また、10月1日以降のオンライン申請における手数料納付は、従来の「収入印紙を窓口・郵送で提出」する方式から、「コンビニ決済・銀行決済」によるキャッシュレス納付へと完全移行されます。
紙での申請・収入印紙の購入・窓口への移動コストを削減するためにも、まだ「在留申請オンラインシステム」を導入していない企業様は、速やかにアカウント発行と運用の切り替えを進めることを推奨します。
対応③：9月30日までの「駆け込み申請（前倒し）」の検討
新料金の適用基準は「2026年9月30日までの受理（受付完了）」です。 そのため、9月中にオンライン申請の送信を完了させるか、窓口へ直接持参して受理されることで、現行手数料（6,000円／永住10,000円）の適用を受けることが可能です。
※郵送申請の場合、9月30日の消印では間に合わない（入管への到達・受理が10月になる と新料金が適用される）リスクがあるため、余裕を持った対応が必要です。
- 在留期間更新許可申請の注意点：
原則として「在留期限のおおむね3か月前」からしか申請が受け付けられません。
つまり、在留期限が「2026年12月30日まで」の従業員であれば、9月中に更新申請を出すことが可能です。対象者をすぐにリストアップし、申請準備を急ぎましょう。 - 在留資格変更申請・永住許可申請：
更新のような「3か月前ルール」の制約がないため、すでに変更事由が生じている場合や永住要件を満たしている場合は、9月30日までに申請を完了させるのが極めて効果的です。
5. よくあるご質問（FAQ）
人事担当者様からよくいただくご質問をまとめました。
Q1. 9月28日に申請し、許可が出たのが10月15日の場合、手数料はいくらですか？
A. 現行の手数料（6,000円）が適用されます。
手数料の判定基準は「処分日（許可日）」ではなく「入管での申請受付日」です。9月30日までに受入された申請であれば、許可通知が10月以降に届いても旧料金で処理されます。
Q2. 海外から就労ビザ（技術・人文知識・国際業務など）で呼び寄せる場合の手数料も上がりますか？
A. いいえ、上がりません。
海外から呼び寄せる際に行う「在留資格認定証明書交付申請（COE申請）」は、今回の改定対象外（無料）です。ただし、入国後に日本で働く中で迎える「1回目の更新申請」からは新料金が適用されます。
Q3. 手数料を給与から天引き（控除）することは可能ですか？
A. 労使協定の締結が必要です。
費用負担を本人負担とし、会社が立替納付した手数料を給与から控除する場合は、労働基準法第24条第1項（賃金全額支払の原則）に基づき、「賃金控除に関する労使協定」をあらかじめ締結しておく必要があります。協定なしの無断控除は労基法違反となるため十分ご注意ください。
6. まとめ｜専門家へのご相談で円滑な外国人雇用を
今回の在留手続手数料改定は、単なる費用の値上げにとどまらず、「コスト予測の不確実性」「オンライン対応の必要性」「社内規程・労務ルールの再整備」など、企業側に多くの課題を投げかけています。
大神人事労務事務所では、外国人を雇用する企業様の労務コンサルティングや就業規則整備に関するご相談を幅広く承っております。
自社の受入体制に不安をお持ちの経営者様・人事担当者様は、ぜひお気軽にお問い合わせください。
【お問い合わせ・ご相談窓口】
- 大神人事労務事務所
- 営業時間：9:00〜18:00（土日祝除く）
- ホームページ：https://ogami-jinji.jp/
- メールアドレス：ogami.jinjiroumu@gmail.com
- 公式LINE：https://lin.ee/U3Gg3UP
- 電話番号：06-4400-1895
コメント