こんにちは。大神人事労務事務所です。
2026年9月1日より、労働基準監督署（労基署）による時間外労働の監督指導方針が大きく見直されました。メディア等で「残業45時間の指導見直し」と報じられたため、「残業規制が緩和されたのではないか」「45時間を超えても指導されなくなるのか」といったお問い合わせが、当事務所にも多く寄せられています。
結論から申し上げますと、法律上の残業上限ルール（月45時間・年360時間等の原則）は一切緩和されていません。変わったのは「労基署の指導のやり方・チェックの視点」です。
本コラムでは、今回の変更の正しいポイントと背景、そして企業が今すぐ点検すべき「健康・福祉確保措置」の具体的な対応実務について、分かりやすく解説いたします。
1. 2026年9月からの労基署指導見直し「3つのポイント」
今回の見直しは、2026年7月に閣議決定された「日本成長戦略」等に基づき、厚生労働省が実施したものです。具体的な変更のポイントは大きく分けて以下の3点です。
①「月45時間以内への削減」を求める一律指導の廃止
これまでの労基署による臨検（立ち入り調査）等では、特別条項付き36協定を適法に締結していても、時間外労働が月45時間を超えている場合、時間数だけに着目して「一律に月45時間以内に抑えるよう」指導される事例がありました。
9月1日以降は、こうした時間数のみに着目した一律の削減指導が改められます。
②「健康・福祉確保措置」の実施状況への重点シフト
一律指導を取りやめる代わりに、労基署が重点的に確認するのが「36協定で定めた健康・福祉確保措置が、現場で実際に機能しているか」という点です。
単に協定書に記載しているだけでなく、「医師の面接指導を行ったか」「インターバル時間を確保したか」といった実施のプロセスと客観的証拠（記録）がチェックされるようになります。
③ 相談・支援体制の拡充
指導方針の変更に伴い、企業の柔軟な労働時間制度の導入や健康管理をサポートするため、全国の「働き方改革推進支援センター」に36協定や特別条項の締結・運用を支援する「専門相談窓口」が新設されたほか、労基署内の「労働時間相談・支援班」による無料相談・訪問支援体制が強化されています。
2. 【誤解厳禁】残業の上限規制自体は「1分も緩和されていない」
経営者や現場の管理職が最も誤解しやすいポイントですので、あらためて現行の残業上限ルール（労働基準法第36条）を整理しておきましょう。今回の見直しでも、以下の法定上限は厳然として存続しています。
| 区分 | 法定上限ルール |
| 原則の上限 | 月45時間・年360時間 以内 |
| 特別条項（臨時的な場合） | ・年720時間以内 ・時間外労働＋休日労働＝月100時間未満 ・時間外労働＋休日労働＝2〜6ヶ月平均で月80時間以内 ・月45時間を超えられるのは年6か月まで |
過重労働による脳・心臓疾患や精神障害のリスクが高い事業場（例えば月100時間超や複数月平均80時間超の残業が発生している事業場）に対しては、今後も厳格な指導や是正勧告が行われます。
「指導が変わったから、いつでも45時間超の残業をさせて良い」ということでは決してありませんのでご注意ください。
3. 労基署が見る「健康・福祉確保措置」とは？
特別条項付き36協定を締結する際、企業は労働者の健康・福祉を確保するための措置を自ら選択し、協定書に記載する義務があります。
労基署が今後重点的に確認する「健康・福祉確保措置」の代表例は以下の通りです。自社の協定書に何が書かれているか、すぐに確認してみてください。
- 医師による面接指導の実施
- 疲労の蓄積が認められる者に対する医師の面談実施。
- 勤務間インターバル制度の導入
- 終業時刻から翌日の始業時刻までに、一定時間（例：11時間等）の継続した休息時間を確保する。
- 連続休暇の取得・代償休日の付与
- 長時間労働が続いた労働者に対する、まとまった休日や代休の付与。
- 健康診断の実施および事後措置
- 定期健診だけでなく、長時間労働者に対する追加の健康チェックや保健指導。
- 深夜労働の回数制限・終業後の連絡制限
- 深夜におよぶ残業回数の上限設定や、勤務時間外の連絡（つながれない権利の配慮）の制限。
なぜ「形だけの記載」が危険なのか？
これまでの運用では、36協定届に「医師による面接指導を実施する」と書いて提出しておけば、届出自体は受理されていました。
しかし、今後は「協定書に書いてあるが、該当者に受診案内を出していない」「面談の実施記録（報告書）が存在しない」といった状況があれば、労基署から『協定内容の不履行』として厳しい指摘を受けるリスクが高まります。
4. 企業が今すぐ取り組むべき「4つの実務対応」
指導方針の転換を受け、企業の人事労務担当者様が今すぐ取り組むべき実務を4つのステップで解説します。
1.自社の36協定（特別条項）の内容を再確認する:協定書と現場運用のズレを抽出。
まずは現在届け出ている36協定届（特に特別条項）の控えを取り出し、「健康・福祉確保措置」としてどの項目にチェックを入れているか（または何を記載しているか）を確認します。
2.措置の「実施体制」と「エビデンス（記録）」を整備する:紙やデータで記録を残す仕組みづくり。
協定書に定めた措置が実際に履行されているかチェックします。
例：面接指導の案内通知と医師の意見書、勤務間インターバルの打刻記録、代休付与の確認簿などをすぐ提出できるように保管・管理します。
3.勤怠管理システムでの「アラート閾値」を見直す:45時間超えの予兆を早期検知。
「45時間を超えたら一律NG」という機械的な運用から、「45時間を超えそうな従業員に対して、どのような健康ケア（面談準備や業務調整）を行うか」という予防的運用へシステムのアラート通知条件をアップデートします。
4.経営陣・現場管理者への意識啓発を実施する:「残業時間の数字」から「社員のコンディション」へ。
管理職に対して「45時間までは無条件にOKになったわけではない」「長時間労働者を野放しにすると会社のリスクになる」という正しい知識を周知徹底します。
5. 大神人事労務事務所からのメッセージ
今回の労基署の指導変更は、単なる規制の緩和・強化という話ではありません。「時間という『数字』だけの管理から、従業員の健康を守る『中身・運用』重視の管理へ」という、働き方改革の真の目的に沿ったアップデートと言えます。
「自社の特別条項の内容で労基署の調査に耐えられるか不安がある」
「健康・福祉確保措置を具体的にどう運用・記録すればいいか分からない」
「勤務間インターバル制度を自社に合わせて導入したい」
このようなお悩みをお持ちの事業主様・人事ご担当者様は、ぜひお気軽に大神人事労務事務所までご相談ください。貴社の事業実態に合わせた無理のない36協定の設計から、現場で機能する労務管理体制の構築まで、専門家の視点で力強くサポートいたします。
【お問い合わせ・ご相談窓口】
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